内容

目次

　編集にあたって 第Ⅰ部　ゲノム進化と変異の解析　岸野洋久 　1 序：生命科学の雰囲気を垣間見る 　　1.1 トウモロコシの起源と栽培化 　　1.2 ゲノムの相同性 　2 相同性検索 　　2.1 Needleman Wunschのアルゴリズム 　　2.2 2段階検出法：FASTP, FASTA 　　2.3 局所アラインメント検索：BLAST 　3 連鎖解析 　　3.1 組換えと連鎖不平衡 　　3.2 量的形質の連鎖解析 　　3.3 ヒト疾患遺伝子のマッピング 　　3.4 連鎖解析の方法論を取り巻くいくつかの最近の流れ 　4 ゲノム進化の統計モデル 　　4.1 生物適応・多様化とゲノム進化の諸相 　　4.2 分子進化の統計モデル 　　4.3 ゲノムの適応進化を検出する統計モデル 　5 集団内の多型性の解析 　　5.1 遺伝的多様度と遺伝子の系譜 　　5.2 合体時間の尤度解析 　　5.3 分集団構造の解析 　関連図書 第Ⅱ部　確率モデルによる配列情報解析　浅井潔 　1 生物配列 　　1.1 塩基配列とタンパク質配列 　　1.2 配列の統計的特徴 　　1.3 配列のアラインメント 　　1.4 マルチプルアラインメント 　　1.5 置換行列 　2 隠れマルコフモデル 　　2.1 確率モデル 　　2.2 隠れマルコフモデル 　　2.3 隠れマルコフモデルの主要アルゴリズム 　　2.4 HMMの実装上の問題点 　3 隠れマルコフモデルによる配列情報解析 　　3.1 ペアHMMとアラインメント 　　3.2 プロファイル HMM 　　3.3 隠れマルコフモデルによる遺伝子発見 　　3.4 HMMの出力の拡張 　4 確率文脈自由文法とRNA 　　4.1 RNAの二次構造 　　4.2 変形文法と確率文法 　　4.3 確率文脈自由文法 　　4.4 RNAの二次構造の推定 　　4.5 RNAの確率文脈自由文法 　　4.6 RNA配列のプロファイルSCFG 　　4.7 高次確率文法とシュードノット 　5 確率モデル上のカーネル 　　5.1 カーネル 　　5.2 確率モデルの周辺化カーネル 　　5.3 HMMの周辺化カウントカーネル 　　5.4 確率文脈自由文法の周辺化カウントカーネル 　　5.5 文法の複雑さとカーネル 　　5.6 配列の比較と分類 　参考文献 　索引